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老师的秘密

磁力樱桃院李程研究组在GenomeBiology发表富集开放 2019-02-18 20:27

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  研究组结合了FAIRE-seq技术及Hi-C技术的关键步骤,开发出了一种可以不依赖蛋白抗体及靶序列的OCEAN-C技术(图1)。染色质首先被甲醛交联;随后,染色质被限制性内切酶(MboI)消化;DNA末端修复时被连入带有生物素标记的脱氧核糖核苷酸;随后空间存在相互作用的DNA被连接;超声打断染色质后,开放染色质被酚-氯仿抽提;最后,存在相互作用的开放染色质因为连有生物素信号,能被磁力架富集。与其他技术相比,1)OCEAN-C技术不仅能检测到TAD、compartments等三维基因组结构,而且同时富集开放染色质区域及这些开放染色质之间的相互作用;2)研究组在三种B细胞相关细胞系(U266,RPMI8226,GM12878)中应用了OCEAN-C技术,发现三种细胞中均有近10000个开放染色质相互作用中心(HOCI)。HOCI长度在1kb左右,以活跃启动子及增强子为主,并结合有大量转录相关蛋白。许多HOCI也与Super-enhancer、帮助理解这些新发现的重要调控区域内部和之间的互作(图2);3)HOCI作为相互作用网络的重要节点,没想到你是这样的老师与其他开放染色质互作,形成全基因组开放染色质相互作用网络,调控基因表达。

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